Uprava družbe Luka Koper d.d. je presenečena nad vsebino sporočila za javnost Ministrstva za promet objavljenega 15. maja, ki napoveduje sklic izredne skupščine družbe. Ministrstvo je namreč prav danes poslalo na sedež družbe predlog za sklic 16. redne skupščine družbe (datirano je sicer 11.5.2009), zato se postavlja vprašanja, ali namerava Republika Slovenija, kot večinski lastnik zahtevati sklic kar dveh skupščin.
V sporočilu za javnost Ministrstva za promet je, po mnenju uprave družbe, navedenih tudi nekaj neresnic. Ni res namreč, da naj uprava ne bi sodelovala v postopkih revizije. Pri tem je verjetno mišljena izredna revizija, kajti redna je neovirano opravila svoje delo in podala poročilo. Glede izredne revizije je uprava, teden dni po odločitvi skupščine 20.3.2009 izbrani revizijski družbi PricewaterhouseCoopers iz Ljubljane poslala obvestilo o izboru, vendar do danes še ni prejela njihove ponudbe.
Vprašljiva je tudi dikcija v sporočilu, da naj bi bila uprava v sporu s ključnimi deležniki. V kolikor so pri tem mišljeni zaposleni in nadzorni svet, kot je razbrati iz vsebine sporočila, je bila uprava vedno pripravljena na konstruktiven dialog s temi deležniki. Vzroke za zamajano zaupanje, kakor piše v sporočilu, pa uprava vidi v politični gonji, ki se je začela kmalu po volitvah jeseni lani s pismom štirih poslancev.
Očitke o nedelovanju nadzornega organa uprava ne more komentirati, nikakor pa ne drži, da  bi nedelovanje nadzornega sveta ogrozilo pravočasno sprejetje letnega poročila. Nadzorniki so ga v potrditev dobili 9.4.2009 in Zakon o gospodarskih družbah v 282. členu predvideva potrditev v enem mesecu oziroma v kolikor se to ne zgodi, kot v primeru Luke Koper d.d., zakon predvideva dodaten enomesečni rok, ki se izteče 9.6.2009. V kolikor NS tudi v tem roku ne bi potrdil letnega poročila, statut družbe v 35. členu določa, da ga sprejme skupščina družbe.
Uprava družbe tudi zavrača očitke ministra za promet dr. Patricka Vlačiča, da naj bi bila Luka koper d.d. v »krču neoperativnosti« in da naj ne bi »izpolnjevala svoj potencial«. Podjetje namreč deluje neovirano v skladu s sprejetim letnim načrtom, kar dokazujejo tudi relativno dobri poslovni rezultati, ki so kljub globalni gospodarski krizi stabilni. Ovira pri izpolnjevanju potenciala podjetja pa je, po mnenju uprave, v prvi vrsti država, ki tudi po treh letih še ni sprejela državnega prostorskega načrta za celovito ureditev koprskega pristanišča.