Luka Koper, d.d. je prejela dovoljenje za vodenje davčnega skladišča. Dovoljenje je izdal Carinski Urad Koper 26. februarja 2008. Veljavno je od 1. marca 2008 dalje za nedoločen čas.

Sistem davčnih skladišč je novost Zakona o davku na dodano vrednost iz leta 2007. Davčna skladišča  imajo podoben status kot carinska skladišča, le da se v njih hrani samo skupnostno blago, to jedomače blago in blago, ki prihaja iz drugih držav članic Evropske unije, oziroma skupnostnoblago, ki je namenjeno v druge države članice Evropske unije. Z vnosom blaga v davčno skladišče se odloži nastanek obveznosti za obračun DDV do trenutka iznosa blaga iz davčnega skladišča. Storitve na skupnostnem blagu, ki je v postopku davčnega skladiščenja, so pa oproščene obračuna in plačila DDV.

Luka Koper d.d. je prvi poslovni sistem v Sloveniji, ki je pridobil dovoljenje za vodenje davčnega skladišča. Na ta način je položaj Luke Koper postal enakovreden položaju tistim pristaniškim operaterjem iz EU, ki to storitev že nudijo.