Luka Koper, ki je bila ustanovljena leta 1957, v začetku ni imela neposredne povezave na železniško omrežje. Tovor so s tovornjaki vozili iz Podgorja in Hrpelje-Kozine ter obratno in ga pretovarjali na vagone oziroma tovornjake. Ker je promet hitro naraščal, stroški pa so bili visoki, so se kmalu začele priprave na izgradnjo proge, ki bi luko povezala z železniškim omrežjem. Proga je bila zgrajena leta 1967.

Odločitev o gradnji proge ni bila enostavna. Gre namreč za zelo težek teren in velik vzpon. Razmere so začeli proučevati že leta 1956 in izdelali okoli 20 variant povezave. V ožji izbor je prišlo 12 različic, ki so predvidevale priključek na progo Divača-Pulj, in sicer: dve na Podgorje, dve na Hrpelje-Kozino, eno na Rakitovec, tri na Prešnico in še štiri na druge točke puljske proge. Razen s potrebami prihodnjega pristanišča so progo utemeljevali s potrebami obalnega gospodarstva, ki je bilo obremenjeno z visokimi stroški cestnega prometa.

Po zahtevnih razpravah so se odločili za povezavo pri Prešnici, ki je stala 4,8 milijard din po cenah leta 1960. Rentabilnost proga naj bi dosegli pri 1,5 milijona ton, kar so predvidevali za leto 1971. Poleg stroškov proge je bilo treba vložiti še enkrat toliko sredstev za postajo, luške naprave, varnostne in telekomunikacijske naprave ter elektrifikacijo. Ko je promet luke leta 1964, dosegel 700.000 ton, je prevladovalo mnenje, da nadaljnji razvoj luke brez železniške proge ni možen. Ključni problem je bil denar in tudi nenaklonjenost zveznih oblasti. Da bi pospešila izgradnjo, je investitorstvo nad projektom prevzela Luka Koper. Proga je bila v prvi fazi grajena kot industrijski tir. Po precejšnjih težavah so progo začeli graditi leta 1964, toda do 1966 so dela potekala neredno, ker niso bila zagotovljena sredstva. Konec leta 1966 so bila v glavnem zaključena dela na spodnjem ustroju, zato so že januarja 1967 začeli polagati prve tire, ki so jih v celoti povezali do 5. oktobra. Gradnjo proge so ovirali tudi plazovi zlasti pri Podpeči in Rižani. Slovesna otvoritev je potekala 2. decembra 1967 v navzočnosti predsednika države Tita.

Železniška proga je dolga 31,4 kilometrov.Začetna točka je na 496 metrov nad morjem. Proga poteka skozi dva predora, eden dolžine 200 metrov ( Zanigrad) in drugi 600 metrov dolžine.

Enotirna proga je nadalje spremljala razvoj luke z dograditvami ter ojačitvami in danes komaj zmore obstoječi promet, saj po njej poteka kar okrog 40 odstotkov vsega tovora, ki ga prepeljejo Slovenske železnice ter okrog dve tretjine vsega tovora, ki se v Luki Koper naloži oz. razloži iz ladij.

Že več let tečejo prizadevanja za gradnjo drugega tira oziroma nove proge med Divačo in Koprom. Projekt je bil zastavljen v okviru Nacionalnega programa razvoja železniške infrastrukture leta 1996, vendar ni bil uresničen. Projekt je bil ponovno vključen v Resolucijo o nacionalnih programih razvoja RS do leta 2023 in naj bi bil uresničen okoli leta 2015. Proga Koper-Divača je uvrščena na prednostni seznam razvoja transevropskega prometnega omrežja.