Skladno s Koncesijsko pogodbo za opravljanje pristaniških dejavnosti, vodenje, razvoj in redno vzdrževanje pristaniške infrastrukture na območju pristanišča je Luka Koper d.d. zadolžena tudi za zagotavljanje izvedbe vseh ukrepov za preprečevanje in odpravo posledic onesnaženja okolja ter večjih nesreč in zmanjšanja njihovih posledic.
Od 13. junija 2009 bo Luka Koper na območju akvatorija pristanišča sama skrbela za zagotavljanje izvedbe vseh ukrepov za preprečevanje onesnaženja morja, odpravo posledic onesnaženja in ostalih potrebnih ukrepov. Luka Koper je za izvedbo aktivnosti varovanja morja ustrezno kadrovsko in tehnično opremljena.
