Nazorni svet Luke Koper d.d. je na izredni seji v sredo, 11.2. 2009, obravnaval problematiko deponije na območju pristanišča, na katero so naleteli  med gradnjo t.i. ankaranske vpadnice. Upravi družbe je naložil takojšnjo ugotovitev razsežnosti deponije, sondiranje oz. ugotovitev vrste odpadkov ter pridobitev razpoložljive arhivske dokumentacije na to temo. Nadzorniki so se tudi odločili, da bo problematiko spremljala razširjena komisija nadzornega sveta za okoljska vprašanja ter da bodo vse stroške, ki bodo nastali v zvezi z delovanjem komisija, vodili ločeno. Namreč, nadzorniki so mnenja, da je potrebno tudi ta strošek, kakor tudi celoten strošek sanacije deponije, naprtiti krivcu oziroma državi, ki je to početje dovolila.
Predlogi ureditve luškega smetišča segajo v leto 1989, ko se v internih dokumentih Luke Koper prvič pojavi sporno območje kot eno izmed možnih lokacij za začasno deponijo odpadkov. Po študiji alternativnih lokacij za odlaganje odpadnih snovi, ki jo je za Luko Koper takrat opravil SMELT, se današnja sporna lokacija pojavlja kot edina sprejemljiva zaradi boljših geomehanskih razmer, ki pomenijo predvsem vodo-nepropusten in stabiliziran teren. Takratna tehnika deponiranja odpadkov je vključevala prekrivanje odpadkov z zemeljskim zasipnim materialom, zaprto odlagališče pa so omejili z vodotesnimi nasipi in odprtim delom za izcejanje meteornih vod. Uporabo omenjene lokacije je redno nadziral sanitarni inšpektor, decembra leta 1990 pa je v svojem zapisniku po pregledu deponije zapisal, da je odlagališče ustrezno urejeno, kot neprimerno pa je navedel odvodnjavanje meteornih in izcednih vod ter zahteval ustrezno sanacijo (preprečitev iztoka ali čiščenje s čistilno napravo). Odlaganje odpadnega materiala je torej potekalo pod nadzorom sanitarne inšpekcije, a brez vodnogospodarskega soglasja. Leta 1995 sledi odločba, ki Luki Koper narekuje preprečitev izpustov vod v Škocjanski zatok. Takratno vodstvo se je odločilo odlagališče zapreti. Namesto tega so zgradili sodoben center za ravnanje z odpadki, kjer se vse biološke odpadke predela v kompost. Ostale odpadke, ki jih prehodno ločujemo v pristanišču, pa prevzemajo za to pooblaščena podjetja.