V prvem desetletju obratovanja Luke Koper (od 1957 do 1967) je ves promet med pristaniščem in njegovim zaledjem potekal po cesti. Tovor so v pristanišču nakladali na kamione, jih pripeljali do Kozine, tam pa preložili na vagone. Z naraščanjem prometa je to postajal vse večji operativni zalogaj, zaradi dodatnih stroškov večkratnega prelaganja blaga pa tudi velik stroškovni problem.
V želji, da bi pospešili izgradnjo, projekt pri takratnih oblasteh namreč ni imel podpore, je investitorstvo nad izgradnjo 31,4 km dolge enotirne železniške povezave od Prešnice do Kopra prevzela Luka Koper. Danilo Petrinja, takratni direktor Luke Koper je v svoji knjigi Gradnja Luke in železniške proge Koper – Prešnica (leto 1999, str. 52) zapisal: »Slovensko vodstvo je gradnjo železniške proge Koper – Prešnica odklanjalo iz naslednjih razlogov: niso verjeli v ekonomsko upravičenost in rentabilnost gradnje pristanišča in železniške proge.«
Gradnja proge se je pričela leta 1964 in se kljub pomanjkanju sredstev in zahtevni gradnji zaključila tri leta kasneje. Otvoritev proge je bila 2. decembra 1967 v pristanišču. Načrtovana je bila kot industrijski tir za približno 1,5 milijona ton prometa letno, njena kapaciteta pa je bila presežena že čez dobri dve leti po njeni otvoritvi. Progo so nato stalno posodabljali, da bi bila kos naraščajočemu prometu v pristanišču. V lanskem letu so železniški prevozniki po tej progi prepeljali že skoraj 11,5 milijonov ton blaga, kar je skoraj 60 odstotkov letnega pretovora Luke Koper.
Z železniško povezavo do Kopra je promet v pristanišču skokovito narasel.
